我国冷链物流起步较晚，发展滞后，在中国冷链物流模式中还存在很多问题，以初级农产品为例，最薄弱的是农产品的收购和批发这两个环节。从事农产品收购及批发的从业人员素质较低，农产品批发市场的环境脏乱差是非常普遍的现象，产品的交易场所、运输过程根本无法满足冷链的要求。以前普通百姓食用的果蔬禽肉，都是经过环境较差的批发市场流向超市、流向果蔬店，最终端上百姓的餐桌。
在这个过程中，经营者也尝试改善交易环境，将原有的批发市场向物流中心转型，但是由于缺乏专业的物流知识，他们的决策受到限制，往往做出错误决策，转型后的场地不符合物流中心的基本要求，无法运作。所以，要改变这种现状，需要物流专业人士参与决策，并且改善冷链物流环境，这是一个长期的工程，需要各个层面的共同推动。目前我国冷库发展主要存在以下问题：
国内部分冷库设计不尽规范，存在诸多安全隐患
国内很多冷库的安装操作人员未经专业培训无证上岗，管理人员安全意识淡薄。很多冷库属于无证设计、安装，缺乏统一标准，特种设备安全技术档案缺乏的现象较为普遍。部分容积500m2以上以氨为制冷剂的土建食品冷库，其地基处理、库址选择、制冷设备安装等严重不符合《冷库设计规范》（GB50072-2001）的要求，存在诸多安全隐患。许多冷库名为气调库却达不到气调的目的，部分低温库刚建成就处于面临停用或只能按高温库降级使用的局面。
冷库利用率普通偏低
国内的冷库库体高度一般设计是高5m左右，但是在实际操作应用中，尤其是无隔架层的冷库利用率低于50%，假如物品堆码的高度一旦超过3.2m时，外包装为纸箱的食品，因重压变形、吸潮等原因极易出现包装破裂、倒塌等现象，导致食品品质下降，造成较大的经济损失。
冷库的制冷系统维修措施不力，冷库设备设施严重老化
制冷机的正常维修周期一般为运转8000～10000h即应进行大维修；运转1000h进行小维修；运转3000～4000h进行中维修。定期对制冷系统进行维修、保养，可以及早消除事故隐患。因为国内大多数冷库尤其是90年代以前所建的冷库，冷库设施设备陈旧、管道严重腐蚀、墙体脱落、地基下陷、压力容器不定期检验，普遍开开停停，带病运营现象十分严重。
自动化控制程度低迷
国外冷库的制冷装置广泛采用了自动控制技术，大多数冷库只有1～3名操作人员，许多冷库基本实现夜间无人值班。而我国冷库的制冷设备大多采用手动控制，或者仅对某一个制冷部件采用了局部自动控制技术，对整个制冷系统做到完全自动控制的较少，货物进出、装卸等方面的自动化程度普遍较低。
冷库节能措施未引起足够重视
冷库属于耗能大户。有数据表明：蒸发器内油膜每增加0.1㎜，就会使蒸发温度下降2.5℃，电耗增加11%。冷凝器中若存在油膜、水垢或蒸发器外表结霜等问题均会导致蒸发温度下降，耗电增加。
另外，低温库冻结间或速冻装置进货后压缩比小于8时，应先采用单级制冷压缩，当蒸发压力降下来后，其压缩比大于8时再改用双级压缩制冷方式，而许多低温冷库刚开机就启用双级压缩机，使冷库能耗加大。
商业冷库价格竞争激烈
近几年随着冷库数量的增加，除部分食品生产企业、科研单位自备用于存放食品原料或用于科研试验的冷库外，商业冷库出租转让频繁，行业内低价竞争激烈，加之高温库和低温库比例失衡以及地理位置的差异，存贮肉类及速冻食品的低温库供不应求，大量的高温库闲置待用，导致大多商业冷库经营企业经济效益不佳。
在国外，冷链标准是冷链物流运作过程中积累出的流程规范，是在行业发展过程中慢慢完善的，是企业共同推动的，并没有官方统一的冷链标准。中国的冷链标准似乎走入歧途，与企业脱钩，制定出的标准有很多不适用于企业的实际运作，这反而对企业的经营形成障碍。标准应该是一种普遍的水平，不要涉及太多技术的问题，比如说对温度的具体限制，不同产品的适宜温度不一样，对温度限制得过于严格反而会造成资源的浪费，温度是由客户要求、食品种类的不同而决定的。想规范冷链行业，标准不是最重要的，我们应该更多从企业竞争的角度进行限制，提高企业竞争的透明度。
