冷藏运输集装箱依靠电力驱动压缩机，其电力由船上的发电机或者便携式发电机提供。当集装箱到达码头之后，被转运到底盘上，这些底盘一般都会装有发电机组，即前文提到的发电机组。这样，装在底盘上的冷藏集装箱就可以像拖车一样，由拖头牵引，在陆路继续运输。
冷藏运输船的货舱为冷藏舱，常隔成若干个舱室。每个舱室是一个独立的封闭的装货空间。舱壁、舱门均为气密,并覆盖有泡沫塑料、铝板聚合物等隔热材料,使相邻舱室互不导热，以满足不同货货物对温度的不同要求。冷藏舱的上下层甲板之间或甲板和舱底之间的高度较其他货船的小，以防货物堆积过高而压坏下层货物。冷藏船上有制冷装置，包括制冷机组和各种管路。制冷机组一般由制冷压缩机、驱动电动机和冷凝器组成。
尽管成本高温控效果也不尽如人意，运输公司还是选择航空冷藏运输作为一种快速的运输手段，通常用来运输附加值较高，需要长距离运输或者出口的易腐货品，例如鲜切花及某些热带水果等。当采用空运时，为了适合飞机某些位置的特殊形状，需要将货品装入集装器(ULD，也称为航空集装箱)。一般的冷藏集装器采用干冰作为冷媒，但是干冰作为冷媒具有一定的局限性：控温精度不高；没有加热功能；需要特殊的加冰基站等。近来Envirotainer公司推出的新型RKNe1系列航空温控集装箱解决了上述困扰，它采用机械压缩式制冷方式，使用英格索兰公司冷王(ThermoKing)品牌的AIR100制冷机组，如下图。该航空温控集装器主要应用于一些特殊的温控运输用途，例如疫苗以及对温度敏感的药品(蛋白质类药物)等，其温度控制范围一般在2℃至8℃，或者室温2℃至8℃，这些货品都具有很高的附加值
